１ 独立行政法人は、法人とされ、政令で定めるところにより登記をしなければならず、その登記しなければならない事項は、登記した後でなければ、これをもって第三者に対抗することができない。なお、設立については、登記によって効力が生じる。
２ 登記に関する法令の整備
独立行政法人通則法等の施行に伴う関係政令の整備及び経過措置に関する政令第２２条により、特殊法人登記令（昭和３９年政令第２８号）の一部が改正され、政令の題名が独立行政法人等登記令に改められた。
独立行政法人の登記の手続については、他の法令に別段の定めがある場合を除くほか、独立行政法人等登記令による。
３ 登記事項
独立行政法人は、独立行政法人等登記令第２条第１号から第４号までに定める事項のほか、独立行政法人産業技術総合研究所及び独立行政法人農業技術研究機構にあっては、代表権の範囲又は制限に関する定めがあるときは、その定めを登記しなければならない。
４ 添付書面
独立行政法人の代表権を有する者の資格を証する書面は、主務大臣が、その長となるべき者を指名したことを証する書面及び就任の承諾を証する書面である。
また、設立の登記の申請書には、資本金につき必要な払込み又は給付があったことを証する書面も添付しなければならない。
（平１２．１１．６、民四第２，５１８号民事局長通達）