権利についての協議を行う旨の合意が書面でされ、その合意において当事者が協議を行う期間を定めたときは、その期間を経過するまでは消滅時効は完成猶予されます。ただし、その期間は1年に満たないものに限るとされています。
ご質問の趣旨は、協議を行う期間を1年未満と定め、その期間が自動更新される旨の合意書面であれば完成猶予の期間も更新されるか、という意味だと思われます。
しかしながら、当初の完成猶予期間が更新されるのは、満了する前に再度の合意をした場合とされていますから、「再度の合意」を伴わない自動更新では、完成猶予期間が更新されないと考えておくべきだと思います。