改正民法では、敷金は「賃貸借が終了し、かつ、賃貸物の返還を受けたとき」には、「その受け取った敷金の額から賃貸借に基づいて生じた賃借人の賃貸人に対する金銭の給付を目的とする債務の額を控除した残額を返還しなければならない」と規定していますが、当事者間でこれと異なる契約をすること自体を禁止しているわけではありません。したがって、ご質問のような契約も原則として可能と考えられます。
しかしながら、賃借人が消費者である個人の場合には、消費者の権利を制限し又は消費者の義務を加重する条項で消費者の利益を一方的に害するような契約は、消費者契約法によって無効となる可能性がありますので注意が必要です。