公共工事の工事請負契約では、請負代金の譲渡を禁止していることが多いようです。民法改正前では、このような譲渡禁止特約が付された債権を譲渡することは原則として無効であるとしていました。そして、例外的に、その債権の譲受人が譲渡禁止特約があることを知らず、かつ知らないことに重大な過失がなかった場合には、譲受人に対して、無効であることの主張をすることができないとしていました。
しかし、債権の譲渡性に着目して資金調達が盛んに行われることになった現在、特段の理由もなく定型的に譲渡禁止特約を付していることがこの資金調達の妨げになっているとの批判もあったようです。
そこで、466条2項では、「当事者が債権の譲渡を禁止し、又は制限する旨の意思表示をしたときであっても、債権の譲渡は、その効力を妨げられない」とし、譲渡禁止又は制限の意思表示がある場合でも、その債権の譲渡は有効であることとされました。
したがって、ご質問のとおり、譲渡禁止特約の付された債権も有効に譲り受けることができることになります。
しかし、債権譲渡自体は有効であっても、債務者は、譲渡制限の意思表示がされたことを知り、又は重大な過失によって知らなかった譲受人その他の第三者に対しては、その債務の履行を拒むことができます。なおかつ、譲渡人に対する弁済その他の債務を消滅させる事由をもってその第三者に対抗することもできます（466条3項）。
ご質問の趣旨からすると、貴社は、譲渡禁止特約が存在することを知っていた（悪意）と考えられますから、まさに466条3項のケースに当たると考えられます。つまり、貴社が譲渡禁止特約が存在することを知っていたという理由で、公共工事請負代金の支払いを拒絶される可能性があるということになります。しかも、何らかの理由で取引先に対して請負代金を支払う必要がなくなったというような事由があれば、貴社に対してもそのことを主張することが可能であるということになります（これらの抗弁を放棄して貴社に対して請負代金を支払うことも可能ですが）。
このような点を考えると、有効に債権譲渡を受けたとしても、必ずしも、貴社が直接請負代金を受領することができることは保証されていないということが言えます。
しかし、上記のような場合であっても、請負代金を理由もなく取引先に支払わない場合には、貴社が相当の期間を定めて取引先への履行の催告することができます。そして、その期間内に取引先への支払いがなされないときは、請負代金の債務者は、譲受人である貴社に対して譲渡禁止・制限があったことを主張することができなくなります（466条4項）。つまり、この場合には、貴社が譲渡制限の意思表示がされたことを知り、又は重大な過失によって知らなかったとしても、直接請負代金の支払いを請求することができるようになります。
